Apse yapıcı bazı mikroplar ile meydana gelen akciğer enfeksiyonları sonucu, akciğer dokusunda hasar meydana gelir ve buradaki hücreler ölür. Meydana gelen bu hücre ölümü ve doku kaybı sonucu akciğer dokusu içinde boş bir alan (kavite) oluşur. Bu kavitenin içi iltihapla dolar ve etrafı bağışıklık sistemi tarafından hücreler ile sınırlandırılır.
Akciğer apsesi, genellikle ileri yaşlarda, sağlık durumu kötü ve hijyeni bozuk, beslenmesi iyi olmayan, bağışıklık sistemini yetmezliği ve kanser hastalarında oluşmaktadır. Akciğer apsesi, nekrotizan pnömoni (akciğer iltihabı), septik emboli (akciğere pıhtı atması) ve akciğere gıda ya da sıvı kaçması (aspirasyon pnömonisi) gibi durumlarda da meydana gelebilir. Akciğer apsesine genellikle bakteriler neden olur.