Bağırsak bakterilerinin sayısının aşırı artması durumudur. Normalde, sağlıklı kişilerin bağırsaklarında çeşitli türden bakteriler (bağırsak florası) bulunmaktadır. Bu bakteriler vücut için faydalı işlerde görev alır. Ancak çeşitli nedenlerden dolayı bağırsak bakterilerinin sayılarındaki aşırı artış, özellikle yağ ve karbonhidratların emilimini bozmaktadır. Bu kişilerde tatlı ve nişastalı gıdalardan sonra şikayetlerde artış olmaktadır. Normalde bağırsaklar içindeki gıdaları ve dışkıyı, kasılma hareketleriyle ileriye doğru iterler. Bakterilerin aşırı çoğalması durumunda, ince bağırsakların bu kasılma hareketleri etkili bir biçimde yapılamamaktadır. Bağırsak hareketlerindeki bu yavaşlama, bakterilerin daha da çoğalmasına olanak sağlar. Sağlıklı insanlarda ince bağırsaklarda ve kalın bağırsaklarda farklı tür bakteriler bulunmaktadır. Skleroderma, diyabet (şeker hastalığı), tam olamayan bağırsak tıkanıklığı ve bağırsak divertikülü bakterilerin sayısının artamasına neden olan durumlardır.
