Otoimmun hastalıklar, bağışıklık sistemindeki (immun sistem) bir bozukluk sonucu meydana gelir. Bağışıklık sistemi vücuda giren mikroplar ve yabanci maddelere karşı savaş açarak onları yok etmeye çalışır. Normalde bağışıklık sistemi, vücudun kendi hücrelerini ve dokularını yabancı olarak görmez ve onlara karşı savaşmaz. Çeşitli nedenlerden dolayı, bağışıklık sisteminde (immun sistem) meydana gelen bir bozukluk sonucu, bağışıklık sisteminin vücudun kendi hücre ve dokularına saldırması ile ortaya çıkan hastalıklara otoimmun hastalıklar adı verilir. Bu hastalıklara örnek olarak; çölyak hastalığı, tip-1 diyabet, sistemik lupus eritematozus, Sjögren sendromu, multiple sklerozis (MS hastalığı), Hashimoto tiroiditi, Graves hastalığı, idyopatik trombositopenik purpura (İTP) ve romatoid artrit verilebilir.
